La Universidad Nacional de la Amazonía Peruana fue creada el 14 de enero de 1961 mediante Ley 13498, dado por el gobierno de don Manuel Prado Ugarteche, respondiendo a diversas acciones que la comunidad loretana venía, hasta ese entonces, realizando, con el fin de contar con una institución de estudios superiores. De acuerdo con esta Ley, la Universidad debía estructurarse con las siguientes escuelas superiores:

• Escuela de Ingeniería Química-Industrial
  

• Escuela de Agronomía 
  

• Escuela de Mecánica y Electricidad 
  

• Institutos técnicos de grado medio y centros de capacitación para obreros  

Además, disponía el funcionamiento de un Instituto de Investigación de los Recursos Naturales y un Instituto Antropológico.

Para hacer realidad el funcionamiento de la institución recién creada y, de conformidad con el artículo 7° de la Ley 13498, se creó el Consejo de Administración de la Universidad Nacional de la Amazonía Peruana, cuyo objetivo fue formular el plan de organización, financiación y funcionamiento de la institución. El Consejo estuvo integrado de la siguiente manera:

• Dr. Alfonso Villanueva Pinillos (ministro de Educación): presidente 
  

• Dr. Eduardo de Souza Peixoto H.: presidente ejecutivo 
  

• Dr. Carlos A. Bambarén: tesorero 
  

• Dr. Jorge Muelle R.: vocal 
  

• Ing. Octavio Velarde Núñez: vocal 
  

• Ing. Jorge Súccar Rahmé: vocal 
  

• Ing. Roberto Heredia Zavala: vocal 
  

• Dr. José I. Vigil Dávila: secretario 

Desde un primer momento, el Consejo contó con la colaboración del primer Patronato de la UNAP, cuyos miembros fueron:

• Gral. Manuel Morla Concha : Presidente 
  

• Dr. Hernán Medina Pinón : Vocal 
  

• Sr. Julio Reátegui Burga : Vocal 
  

• Dr. Guillermo Rendón de Leyva : Vocal 
  

• Sr. Eduardo Torres Alcalá : Vocal 
  

• Sr. Nicolás Arévalo Cárdenas : Vocal 
  

• Ing. Adolfo Toledo Lazo : Vocal 
  

• Sr. Federico Brezani Silva : Vocal 

El 13 de abril de 1962, se aprobó el Estatuto Preliminar de la UNAP, mediante el Decreto Supremo 21, el mismo que constaba de siete títulos y ciento dieciocho artículos.

La ceremonia inaugural se realizó el 31 de mayo de 1962, en el Salón Ramón Castilla del Concejo Provincial de Maynas, la misma que estuvo presidida por el Dr. Eduardo de Souza Peixoto H., presidente del Consejo de Administración, y con la presencia de los miembros del Patronato, de las autoridades de la localidad y el público en general. 

El 4 de junio de 1962, se llevó a cabo la inauguración del primer año académico de la UNAP, a cargo del Dr. Emilio Gordillo Angulo, director de la Escuela de Estudios Generales (ciclo básico), en el local de lo que en ese momento se denominaba Gran Unidad Escolar Mariscal Óscar R.

Benavides. Iniciaron también sus actividades las escuelas de: Ingeniería Químico-Industrial y Agronomía y Forestal. La Escuela de Mecánica y Electricidad, no llegó a establecerse.

La primera Asamblea Universitaria se instaló en 1964, en la que se acordó cambiar la denominación de “escuelas” por la de “facultades”, conformándose las siguientes: Facultad de Ingeniería Químico-Industrial, Facultad de Agronomía y Forestal, Facultad de Educación, Facultad de Ciencias y Humanidades (esta última, formaba profesionales biólogos y físico-matemáticos). Pero, en 1969, y por mandato legal, las facultades cambian de denominación,  constituyéndose en “programas académicos”, los que estaban organizados por departamentos académicos. Por casi quince años estuvo vigente la denominación de programas académicos, hasta que la Ley Universitaria 23733, promulgada el 9 de diciembre de 1983, restituyó el Sistema de Facultades en las universidades del país, hasta hoy vigente. 

Será el 1 de mayo de 1984, en que, por Resolución 001-84-AE-UNAP, se apruebe y promulgue el Estatuto General de la Universidad Nacional de la Amazonía Peruana (EGUNAP), que actualmente está en proceso de revisión y actualización por una Comisión Especial designada por la Asamblea Universitaria.   

Mediante el EGUNAP, la Universidad organizó el régimen académico con nueve facultades: Agronomía, Ciencias Administrativas y Contables (actualmente Ciencias Económicas y de Negocios), Ciencias Biológicas, Ciencias de la Educación y Humanidades, Ingeniería Forestal (ahora Ciencias Forestales), Enfermería, Ingeniería en Industrias Alimentarias, Ingeniería Química y Medicina Humana.

El 2 de julio de 1987, por Resolución Rectoral1081-87-UNAP, se crea la Escuela de Postgrado, ratificada por la Asamblea Nacional de Rectores mediante Resolución 660-93-ANR del 12 de noviembre de 1993, cuyos estudios conducen a los grados de magíster y de doctor. 

En 1990, por Resolución Rectoral 0223-86-UNAP-CU, se crea la Facultad de Zootecnia, con sede en la ciudad de Yurimaguas, entrando en funcionamiento en 1991. 

En 1997, mediante la Resolución Rectoral 1814-97-UNAP, se crea la Facultad de Ingeniería de Sistemas e Informática, ubicada en la ciudad de Nauta. 

También en 1997, se crean las facultades de Derecho y Ciencias Políticas y Farmacia y Bioquímica mediante las resoluciones rectorales 1815-97-UNAP y 1816-97-UNAP, respectivamente. 

En 1998, por Resolución Rectoral 1175-98-UNAP, se crea la Facultad de Odontología. 

La UNAP, año tras año ha venido creciendo y, en la actualidad cuenta con catorce facultades: Agronomía (FA), Ciencias Biológicas (FCB), Ciencias de la Educación y Humanidades (FCEH), Ciencias Económicas y de Negocios (FACEN), Ciencias Forestales (FCF), Derecho y Ciencias Políticas (FDCP), Enfermería (FE), Farmacia y Bioquímica (FFB), Industrias Alimentarias (FIA), Ingeniería de Sistemas e Informática (FISI), Ingeniería Química (FIQ), Medicina Humana (FMH), Odontología (FO), con sede en Iquitos; y Zootecnia (FZ) en la ciudad de Yurimaguas. Asimismo, la FCEH tiene escuelas en funcionamiento en Caballococha y Yurimaguas; la FACEN funciona en Contamana con la Escuela de Formación Profesional de Negocios Internacionales y Turismo; la Facultad de Ciencias Forestales funciona en Orellana con la Escuela de Formación Profesional de Ingeniería en Ecología de Bosques Tropicales; la Facultad de Ciencias Biológicas funciona en Yurimaguas con la Escuela de Formación Profesional de Acuicultura; y la Facultad de Industrias Alimentarias que funciona también en la ciudad de Requena.

• Dr. Eduardo de Souza Peixoto Hidalgo; primer rector, del 28 de diciembre de 1962 al 23 de octubre de 1964.




• Dr. Emilio Gordillo Angulo, primer rector electo, del 24 de octubre de 1964 al 23 de octubre de 1969. 




• Ing. Máximo Urbina Gutiérrez, presidente de la Comisión Reorganizadora, de enero de 1971 a julio de 1972. 




• Ing. Alfonso Chacón Díaz, presidente de la Comisión de Gobierno, de 1972 a 1973. 




• Ing. Gerardo de la Torre Ugarte y Seminario, presidente de la Comisión de Gobierno, de 1973 a 1974. 




• Prof. Dalin Encomenderos Dávalos, presidente de la Comisión de Gobierno, de enero a setiembre de 1975.




• Ing. Segundo Pascual Camacho, presidente de la Comisión de Gobierno, de octubre de 1975 a octubre de 1977 y rector de diciembre de 1979 a octubre de 1984.




• Ing. José Armando Jarama Donayre, rector, entre noviembre de 1977 y abril de 1979. 

• Dra. Socorro Peña Jiménez, rectora, de noviembre de 1984 a julio de 1986. 

• Ing. Rúsbel Arévalo Meléndez, rector, de julio de 1986 a octubre de 1988. 

• Blgo. José Rojas Vásquez, rector, de diciembre de 1988 a diciembre de 1993. 

• Ing. José Torres Vásquez, rector, del 1 de febrero de 1994 a enero de 1999, reelegido el 1 de febrero de 1999 a enero del 2004. 

• Ing. Herman B. Collazos Saldaña, M. Sc. desde el 31 enero de 2004 al 30 de enero de 2009.

• Actualmente el rector es el Dr. Antonio Pasquel Ruiz, quien asumió el cargo el 1 de febrero de 2009 y culminará su gestión el 31 de enero de 2014.

Innumerables y duraderos son los aportes que nuestra casa de estudios ha brindado a lo largo de su existencia. Gente intelectual y creadora, se ha formado en sus aulas, cuyos conocimientos y ejercicio profesional constituyen un pilar elemental para el desarrollo regional y nacional.