La Escuela de Postgrado de la Universidad Nacional de la Amazonía Peruana, de conformidad con lo dispuesto por el artículo 13º de la Ley Universitaria 23733, fue creada mediante Resolución Rectoral 1081-87-UNAP, del 2 de julio de 1987 y ratificada por la Asamblea Nacional de Rectores con Resolución 660-93-ANR, del 12 de noviembre de 1993, nombrándose una comisión para la elaboración del perfil del proyecto de implementación, organización y reglamentación para el funcionamiento definitivo de la Escuela de Postgrado, la que estuvo integrada de la siguiente manera:
Fís. César Julián Benítez, M.Sc. Presidente
Ing. Augusto Padilla Yépez, M.Sc. Vicepresidente
Enf. Ana M. Nazario García, Mgr. Miembro
Ing. Julio Rodríguez Tello, M.Sc. Miembro
Ing. Élmer Trevejos Chávez, Mgr. Miembro
Prof. Jaime Fartolino Pimenta, Mgr. Miembro
Blgo. Lorgio Verdi Olivares, Dr. Miembro
Blgo. Alberto García Cáceres, Dr. Miembro
Prof. Julio Córdova Haro, M.Sc. Miembro
Con Resolución Rectoral 0521-UNAP, del 5 de abril de 1988 se aprueba y se pone en vigencia el Reglamento de la Escuela de Postgrado.
El 10 de agosto de 1994, con Resolución Rectoral 1028-94-UNAP, se aprueba el Proyecto de la Maestría en Gestión Empresarial.
El 15 de diciembre de 1994, con Resolución Rectoral 1625-94-UNAP, se aprueba el Proyecto de la Maestría en Ciencias con mención en Ecología y Desarrollo.
El 31 de enero de 1995, con Resolución Rectoral 0110-95-UNAP, se aprueba el Proyecto de la Maestría en Gestión Pública.
El 19 de agosto de 1996, con Resolución Rectoral 1389-96-UNAP, se aprueba el Convenio Interinstitucional de Cooperación Académica con la Universidad Nacional de Ucayali, para desarrollar un programa itinerante de Maestría en Gestión Empresarial en la ciudad de Pucallpa.
El 9 de setiembre de 1997, con Resolución Rectoral 1121-97-UNAP, se aprueba el Proyecto de Maestría en Salud Pública.
El 24 de julio de 1989, con Resolución Rectoral 0634-89 UNAP, se aprueba el Proyecto de Estudio de la Maestría en Docencia Universitaria, desarrollada entre 1990 y 1993.
El 5 de febrero de 1999, con Resolución Rectoral 02-99-UNAP, se aprueba el Proyecto de la Maestría en Ciencias con mención en Desarrollo Agrario Sostenible.
El 29 de octubre de 1999, con Resolución Rectoral 017-99-CU-UNAP, se aprueba el Proyecto de Maestría en Educación con mención en Gestión Educativa.
El 24 de abril de 2000, con Resolución Rectoral 001-2000-CU-UNAP, se aprueba el Proyecto de la Maestría en Derecho con mención en Derecho Civil y Comercial.
El 20 de junio de 2000, con Resolución Rectoral 016-2000-CU-UNAP, se aprueba en vías de regularización el Proyecto de la Maestría en Auditoría.
El 20 de junio de 2001, con Resolución Rectoral 016-2001-CU-UNAP, se aprueba el Proyecto de la Maestría en Docencia e Investigación Universitaria.
El 25 de febrero de 2002, con Resolución Rectoral 004-2002-CU-UNAP, se aprueba el Proyecto de la Maestría en Finanzas.
El 1 de abril de 2002, con Resolución Rectoral 006-2002-CU-UNAP, se aprueba el Proyecto de la Maestría en Agronegocios.
El 23 de abril de 2002, mediante Resolución Rectoral 0969-2002-UNAP, se aprueba el Proyecto de la Maestría en Procesos Químicos y Bioquímicos.
El 25 de abril de 2002, mediante Resolución Rectoral 0987-2002-UNAP, se aprueba el Proyecto de la Maestría en Ciencias con mención en Ecología y Desarrollo Sostenible.
El 4 de noviembre de 2002, mediante Resolución Rectoral 024-2002-CU-UNAP, se aprueba el Proyecto de la Maestría en Ciencias Forestales con mención en Manejo Forestal.
El 30 de junio de 2004, con Resolución Rectoral 007-2004-CU-UNAP, se aprueba el Proyecto de la Maestría en Ciencias en Procesos Alimentarios con mención en Procesamiento de Frutas y Vegetales y Procesamiento de Recursos Hidrobiológicos.
El 9 de febrero de 2005, con Resolución Rectoral 007-2005-CU-UNAP, se aprueba el Proyecto de la Maestría en Salud Familiar y Comunitaria.
Presidentes de la Comisión Transitoria y directores de la Escuela de Postgrado desde su creación
La Escuela de Postgrado de la Universidad Nacional de la Amazonía Peruana, ha sido conducida por los siguientes profesionales: